¡Descarga Análisis de similitud de secuencias con BLAST: Comparación de ARNm de tirosinasa y más Diapositivas en PDF de Bioquímica solo en Docsity!
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
Integrantes : Juan Sebastian Pinilla , Alejandro Delgado , Cristian Martinez
1. Objetivos
• Familiarizarse con las herramientas de análisis comparativo de secuencias
pareadas BLAST.
7. Compare la información de las primeras 30 secuencias y conteste las
siguientes preguntas:
a) ¿Con cuál de ellas la secuencia que usted copio, tiene mayor similitud?
RTA:
Description Scientific Name Max Score Total Score Query Cover
E
value Per. Ident Acc. Len Accession Homo sapiens tyrosinase (TYR), mRNA Homo sapiens 905 905 100% 0
% 2062 NM_000372. : Homo sapiens tyrosinase (TYR), transcript variant X1, mRNA Homo sapiens 905 905 100% 0
% 2156 XM_011542970. Homo sapiens TYR mRNA for tyrosinase, complete cds, cell_line: G Homo sapiens 905 905 100% 0
% 1625 AB775901. Homo sapiens TYR mRNA for tyrosinase, complete cds, cell_line: HM3KO Homo sapiens 905 905 100% 0
% 1625 AB775900. Human tyrosinase (TYR) mRNA, complete cds Homo sapiens (^905 905) 100% 0
% 2384 M27160. Human tyrosinase mRNA, complete cds Homo sapiens 905 905 100% 0
% 1590 U01873.
Hubo mayor similitud en las 6 cadenas , pero el valor de Acc.Len mayor se
relaciona con la penúltima fila por eso creemos que es la cadena más parecida.
¿Con cuál menor similitud?
PREDICTED: Rhinopithecus roxellana tyrosinase (TYR), transcript variant X1, mRNA Rhinopithe cus (^856 856) 100% 0
% 2488 XM_010357232.
roxellana
los otros tienen valores muy similares pero el programa no es capaz de
identificar el gen
. b) ¿A qué gen o genes corresponden las secuencias obtenidas en las
comparaciones anteriores?
RTA: Mayor similitud : gen TYR
Menor Similitud: gen TYR
c) A partir de estos datos ¿cuál cree usted que es la proteína que se genera a
partir de este ARNm?
RTA : la enzima que se genera es la tirosina hidroxilasa y funciona para el
funcionamiento normal del sistema nervioso.
13. Mire la página que se generó. Compare las primeras 30 secuencias y
conteste las siguientes preguntas
a) ¿Con cuál de ellas la secuencia, tiene mayor similitud?
Description Scientific Name Max Score Total Score Quer y Cove r
E
value Per. Ident Acc.
Len Accession
tyrosinase precursor [Homo sapiens] Homo
sapiens 344 344 99%
E-
00% 529 NP_000363.
Hubo una mayor similitud de cadena debido a que el “Max Score” y el “Total Score” son identicos, ademas el “Porcentaje Identico” mostro un valor del 100%.
¿Con cuál menor similitud?
tyrosinase family protein [Candidatus Microthrix parvicella] Candidatus Microthrix
parvicella 72.8^ 72.8^ 89%
E-
1% 323 WP_012228244.
b) ¿Qué proteína predice el programa?
RTA :
Colágeno 1015 1567 100% 0,00 100.00%
Esta proteína es la que más tiene similitud con la cadena suministrada al
programa , codifica con varias proteínas pero no tengo como la de colágeno.
c) ¿En qué organismos se encuentra dicha proteína?
En Homo Sapiens
Pan Paniscus
Hylobates moloch
Pongo abelii
Nomascus Leucogenys
Entre otros
